Erfolgreiche finanzwissenschaftliche Forschung mit hohem Anwendungsbezug ist heutzutage ohne intensive Kooperation mit anderen wissenschaftlichen und beratenden Institutionen nicht mehr vorstellbar. Neben der Zusammenarbeit zwischen Ökonomen hat das FiFo eine lange Tradition, intensive inter- und transdisziplinäre Kooperationen für seine Forschungsfragen fruchtbar zu machen. FiFo-Forschungspartner in laufenden oder abgeschlossenen Vorhaben sind (Auswahl):
- Ifo Institut für Wirtschaftsforschung, München
- Zentrum für Europäische Wirtschaftsforschung (ZEW), Mannheim
- Rheinisch-Westfälisches Institut für Wirtschaftsforschung (RWI), Essen
- Deutsches Institut für Wirtschaftsforschung (DIW) Berlin
- Institut für Angewandte Wirtschaftsforschung (IAW), Tübingen
- Institut der deutschen Wirtschaft Köln (IW), Köln
- Freie Universität Berlin, Forschungszentrum für Umweltpolitik (FFU)
- Universität Stuttgart, Institut für Energiewirtschaft und Rationelle Energieanwendung
- Universität Stuttgart, Institut für Raumordnung und Entwicklungsplanung
- Technische Universität Hamburg Harburg, Institut für Verkehrsplanung und Logistik
- Ruhr Universität Bochum
- Universität zu Köln, Institut für Steuerrecht
- Copenhagen Economics, Kopenhagen
- Infras AG, Zürich
- ILS-Institut für Landes- und Stadtentwicklungsforschung, Dortmund/Aachen
- Fraunhofer-Institut Systemtechnik und Innovationsforschung (ISI), Karlsruhe
- Forschungszentrum Jülich, Institut für Energie- und Klimaforschung Systemforschung und Technologische Entwicklung (IEK-STE)
- Öko-Institut, Freiburg/Berlin
- Ecologic Institute, Berlin/Brüssel/Washington
- Adelphi Research, Berlin
- Arepo Consult, Berlin
- ifeu - Institut für Energie- und Umweltforschung, Heidelberg
- PTV Planung Transport Verkehr AG, Karlsruhe
- Institut für ökologische Wirtschaftsforschung (IÖW) gGmbH, Berlin
- Gesellschaft für Wirtschaftliche Strukturforschung mbH (GWS), Osnabrück
- Nova Institut GmbH, Hürth